대한약사회 윤리위원회와 서울시약사회 윤리위원회간 갈등이 심화되고 있다. 이 갈등은 2012년 서울시약사회장 선거 관련 후보자 매수 의혹을 조사해달라며 경남 K약사는 대약에, 서울 J약사는 서울시약에 제소를 하면서 불거졌다. K약사는 김종환 서울시약사회장, 문재빈 총회의장, 최두주 대약 정책기획실장을 제소했고 이후 서울 J약사는 조찬휘 대한약사회장, 서국진 윤리위원을 제소했다. 먼저 포문을 연쪽은 대약 윤리위원회다. 대약 윤리위는 지난 15일 입장문을 내어 "서울지부 윤리위원회가 진행하고 있는 모든 행위는 어떤 목적이 있다"며 "상급기관이 진행하고 있는 업무에 대해 법적, 논리적 정당한 사유 없는 월권적인 업무방해에 해당된다"고 지적했다. 대약 윤리위는 "이 사안은 제소자가 상급기관에 제소를 했고 대약 윤리위 차원에서 상당한 수준의 심의가 진행되고 있음에도 불구하고 서울시약이 두 번씩이나 공문을 보내 지부로 이관시켜 달라는 요청과 동일 안건에 대해 심의를 진행하는 것은 제소자의 의견과 입장, 그리고 절차를 무시한 것"이라고 말했다. 그러자 서울시약 윤리위는 20일 대약에 보낸 공문을 통해 대약 윤리위의 주장을 반박하고 나섰다. 서울시약 윤리위는 "대약 윤리위와 동일한 안건을 심의한 바 없다"면서 "대한약사회에 경남 K약사의 제소건의 이관을 두 차례 요청하였으나 이를 거부함에 따라 서울 J약사가 본회로 제소한 대한약사회 조찬휘 회장과 서국진 윤리위원에 대해서만 심의했다. 마치 동일한 사안을 심의한 것처럼 사실 관계를 왜곡한 것에 대해서는 공식적인 해명이 필요하다"고 주장했다. 서울시약 윤리위는 또한 "대약 윤리위원회는 본회 윤리위원회를 서울지부장이 임명한 약사들로 구성돼 자체 심의의 공정성을 의심하고 마치 특정 임원을 보호하려 한다는 의혹을 스스로 만드는 행위로 매도하는 것은 본회 윤리위원회에 대한 근거없는 추정에 근거한 폄훼행위"라고 반박했다. 서울시약 윤리위는 "대약 윤리위원도 대한약사회장이 위촉하게 돼 있는 만큼 대약 윤리위의 논리는 전형적인 '내로남불'과 다름없다"고 지적했다. 이에 서울시약 윤리위는 "오히려 대한약사회에서 공식 제출된 제소장에 대한 문서 접수도 하지 않은 채 관련 보도자료를 배포(2017.9.26.)하고, 대약 윤리위 소위원회(2017.9.29.)를 개최해 해당 사건을 논의한 것 자체가 약사윤리규정상 비공개 원칙 등의 심각한 절차 위반"이라고 말했다. 한편 서울시약 윤리위는 서울 J약사가 2012년 대한약사회장 및 지부장 선거와 관련해 조찬휘 회장과 서국진 윤리위원 제소건을 심의한 결과, 사건의 중요인물인 김명섭 명예회장은 고인이 됐고, 사전선거운동규정 위반과 관계되는 사안으로 선거관리위원회에서 다뤘어야한다며 2012년 사건 발생일로부터 5년이 지나 심의할 수 있는 기간이 경과한 만큼 현실적으로 심의가 불가능하다고 의견을 모았다.