대한의사협회 노환규 회장이 약학정보원 압수수색 소식에 "충격 그 자체"라고 언급했다. 노 회장은 12일 자신의 페이스북에 "약학정보원에서 불법으로 환자 개인정보, 환자 질병정보, 보험자 정보, 의사 개인정보, 병의원 기관정보, 처방 내역, 약사 개인정보, 약국 기관정보, 조제 내역 등을 수집한 것으로 알려져 있다"며 "정부기관에서 철저한 보안 속에 보호돼야 할 정보가 약학정보원에 보관돼 있었다니 충격 그 자체"라고 밝혔다. 이어 약학정보원에서 배포한 약국청구프로그램 'PM2000'이 전체 약국 절반 이상에 배포됐다는 점을 지적하면서, 노 회장은 "대다수 국민은 약국을 고정하여 이용하는 것이 아니기 때문에 약학정보원은 거의 전국민의 질병, 처방, 조제 데이터를 가지고 있다고 봐야 할 것"이라고 주장했다. 노 회장은 "이 정보 중 일부를 기업에 돈을 받고 넘긴 것인데 가공해 넘겼는지, 일부에는 raw data형태로 그대로 넘겼는지는 확인되지 않은 상태라고 한다"는 설명을 덧붙였다. 약학정보원과 대한약사회 간 관계에 대해서도 문제 삼았다. 노 회장은 "약학정보원은 약사회 출연기관으로서 약학정보원장은 약사회장이 임명한다"며 "이번 사건으로 일선의 약사들도 충격에 빠졌겠지만 만일 이 사건이 약사회와 연관이 있다면 문제는 더욱 심각해질 것"이라고 말했다.