국내 연구개발 투자를 유인하기 위한 조세감면 규모가 올해 기준으로 3조원을 넘을 것으로 예상되는 가운데, 총액기준 조세감면 시행과 신약개발 R&D 투자 활성화를 위해 대기업 등의 조세지원 확대가 필요하다는 주장이 제기됐다. 이경근 법무법인 율촌 조세자문부문장(경제학박사, 사진)는 최근 제약협회가 발간한 정책보고서에서 '신약개발분야 R&D 조세 감면제도에 대한 제언'이라는 기고를 통해 이같이 밝혔다. 이 박사는 연구개발(R&D) 투자를 유인하기 위해 다양한 형태의 조세지원 제도를 도입-운용하고 있다고 밝혔다. '2016년도 조세지출 예산서'에 따르면, 올해 연구개발 관련 조세감면액 추정액은 약 3조원대를 형성하며 총 조세지출예산의 약 9.5%를 차지하고 있다. 이중 연구-인력개발비 세액공제는 전체 조세지출 항목 중 감면 규모 1위를 기록하고 있다는 것이 이 박사의 설명이다. R&D 관련 조세지출 현황을 살펴보면, 올해 추정규모는 약 3조원을 약간 넘고 있으며, 주요 조세지출 항목 중 연구-인력 개발비에 대한 세액공제가 약 2조 8000억원(2015년 추정)으로 전체 조세지출 항목 중 감면 규모 1위를 차지하고 있다. 이는 전체 R&D관련 조세지출의 90% 이상을 차지하고 있다. 다음으로 연구-인력개발 설비투자 세액공제가 현재 약 1500억 원(2015년 추정) 규모로 연구개발 조세지출 항목 중 2위를 기록하고 있다. 나머지 조세지출 실적은 미미한 수준으로 나타났다. 이와 관련 이경근 박사는 신약개발분야 R&D 투자 활성화를 위해 필요한 현행 조세감면제도의 개선방안이 '총액기준(volume-based) 조세감면'이 모범기준이 될 수 있다고 제안했다. 그는 "증가분기준 (incremental) 조세감면의 경우 조세감면 혜택이 R&D 지출 전체에 적용되기보다는 R&D 지출의 증가분에만 적용되기 때문에 총액기준보다 증가분기준이 더 효율적이라고 주장도 있다"며 "하지만 실제로 많은 실증연구결과는 증가분기준이 총액기준보다 더 효율적이지 않음을 보여 준다"고 설명했다. 신기술 요건(Novelty requirement) 항목에서는 '세계 최초 신기술' 또는 '국가 최초 신기술'을 조세감면 적용 요건으로 규정하는 것이 바람직하다고 밝혔다, 그는 "최초 신기술 요건을 채택하게 되면 R&D의 사회기여 효과가 가장 크게 된다"며 "이 요건은 모방을 촉진하기보다는 더 철저한 혁신에 투자하는 기업들 에게 혜택을 제공하기 때문"이라고 덧붙였다. 조세감면 대상 지출(Expenditure) 부문에 대해서는 R&D 종사 연구원 임금에 대한 지출항목을 적용해야 한다는 의견이다. 그는 "경제이론의 관점에서 조세지원은 강력한 외부 효과를 가지는 지출 유형에 적용돼야 한다"며 "R&D와 관련된 모든 지출 유형 중 연구원들에게 지급되는 임금은 가장 강력한 외부효과를 가진다고 볼 수 있다"고 말했다. 총액방식 세액공제 적용 바람직 이 박사는 국내의 경우 총액방식에 의한 세액공제보다는 '증분' 방식의 세액공제에 중점을 두는 조세정책을 지속적으로 시행했다며, 그 결과 2007년에는 대기업에 대해서는 총액방식에 의한 조세감면을 아예 배제한 적도 있었다고 밝혔다. 하지만 유럽 등 선진국 전문가들이 수행한 실증연구는 이러한 효과를 뒷받침하지 못하고 있으며 오히려 경제적 왜곡현상만을 초래하므로 총액방식에 의한 조세감면을 권고하고 있다는 것이 이 박사의 지적이다.. 따라서 정부는 이 부분에 대한 실증연구를 실시, 증분방식이 더 효과적인 정책대안임이 입증되지 못한다면 현행 정책방향은 전면 재검토할 필요가 있다는 주장이다. 특히 국내 제도는 중소기업에 대해서는 대기업에 비해 우대 감면율을 적용하고 있는 데 반해 2014년 EC 연구보고서는 중소기업 우대감면율 적용이 중립적인 정책이라고는 평가하고 있으나 모범기준(best practice)으로 보고 있지는 않다는 것이 이 박사의 주장이다. 즉, 대기업이든 중소기업이든 동일한 우대감면율을 적용하는 것이 바람직하다는 의견이다. 결국 대기업에 대해서는 의도적으로 감면을 축소해 왔고 중소기업에 대해서는 지나칠 정도로 조세감면을 확대해 왔다는 점에서 이러한 정책방향도 재검토를 할 필요가 있다고 이 박사는 제안했다. 그는 "신약개발의 경우 대규모 제약회사가 투자에 주도적인 역할을 할 수 밖에 없는 데 현행과 같이 중소기업에 대해서는 일방적으로 우대 감면율을 적용하고 대기업의 조세감면을 축소시키는 정책을 지속한다면 결과적으로 다른 분야에 비해 신약개발에 대해 차별적인 대우를 하는 결과가 초래될 수 있다"고 지적했다. 한편 기획재정부는 지난 4월 '신산업 육성 방안' 발표를 통해 현행 신성장 R&D 세액공제(중소기업 30%, 중견·대기업 20%)를 신산업 중심으로 개편하고 ▲세법상 최고수준 지원 (최대 30%) ▲매출액 대비 신산업 R&D 투자가 많을수록 높은 공제율 적용 ▲신약개발 R&D 투자에 대한 R&D 세액공제 대상 확대 ▲국내 수행 임상 3상 조세지원 확대 ▲신산업 기술을 사업화하기 위한 시설투자시 투자금액의 최대 10%(중소기업 10%, 중견-대기업 7%) 세액공제 신설 등을 결정했었다.