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7월 약국 부가세 신고, 비보험 조제매출 신고 핵심

  • 강신국
  • 2025-07-04 10:21:42
  • 국세청, 오는 25일까지 1기 확정 부가가치세 신고·납부 안내
  • 일반약 매출 누락 주의해야...과거 추징사례도 있어

[데일리팜=강신국 기자] 7월 부가가치세 신고 시즌이 돌와왔다. 약국은 조제 매출을 제외하고 부가세 신고를 해야 하는 과세-면세 겸업사업자이기 때문에 챙겨야 할 것도 많다.

국세청은 2025년 제1기 부가가치세 확정신고 대상자는 679만명으로 오는 25일까지 부가세를 신고・납부해야 한다고 4일 밝혔다.

국세청은 사업자의 실수를 사전에 예방하고 성실신고에 도움을 주기 위해 '신고도움서비스' 제공을 지속적으로 확대해 왔다.

이에 국세청은 사업자가 매출을 적게 신고하거나 세액공제를 과다하게 신청하는 등의 실수를 최소화하기 위해 업종별 특성을 반영한 도움자료를 전년 대비 대폭 확대한 370만명에게 제공할 예정이다.

국세청은 이번 신고부터 전자세금계산서 발급세액공제액을 신고서에 자동으로 채워주고, 부동산임대 사업자가 월세 등 임대내역 입력 시 신고서에 자동반영하는 등 홈택스 신고편의를 개선했다.

한편 약국의 부가세 신고 주요 이슈를 보면 매입자료의 과세-면세 자료 구분이 가장 중요하다. 즉 매입한 의약품을 일반약 판매로 사용하면 환급 대상이지만 조제약 판매에 사용하면 환급을 못 받는다. 매입한 의약품이 일반약 판매에 사용됐는지, 조제약 판매에 사용됐는지 분류가 약국 부가세 신고의 가장 중요한 키워드다.

특히 비보험 조제 매출을 누락하지 않는 것이 중요하다. 비보험 조제매출액이 많은 경우 과표가 양성화되지 않는 금액이지만 소득세 신고 시 이름 전혀 반영하지 않으면 비보험 약가를 매출원가로 반영할 수 없어 기말재고 의약품이 과대 계상될 수 있기 때문에 반드시 신고해야 한다.

국세청이 약국 부가세 신고시 집중적으로 들여다보는 포인트는 과세 대상인 일반약 등의 매출 누락이다.

과거 국세청이 공개한 부가세 추징 사례를 보면 A약국은 일반약(과세)과 조제약(면세)을 판매하면서 면세 수입을 포함해 부가세를 신고했지만 신용카드 매출의 대부분이 면세로 확인돼 일반약 판매 등 과세대상을 면세로 신고한 것.

국세청은 건강보험공단에서 수집한 보험급여 지급 자료와 부가세 면세 수입금액 신고 자료를 근거로 신용카드 면세분 매출금액을 확정한 후 면세 수입금액을 초과해 신고한 면세분 신용카드 매출금액을 과세 매출 누락으로 확인해 부가가치세 수억원을 약국에서 추징했다.

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