제약·바이오업체, R&D세액공제 사전확인제 시행

• 국세청 "업체-세무당국간 이견 많은 항목"...세무 불확실성 해소
• 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용도 사전심사 신청 가능

[데일리팜=강신국 기자] 올해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도가 시행된다. R&D 세액공제는 제약사, 바이오기업 들도 혜택을 보고 있어, 새로운 제도를 확인할 필요가 있다.

국세청은 R&D 세액공제에 따른 세무조사 등을 완화하기 위해 이달 1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 확인해주고 있다고 13일 밝혔다.

R&D 세액공제는 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구를 하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다.

R&D 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당 여부나 공제 가능 금액에 대해서는 세무당국과 업체간 이견이 많은 항목 중 하나이기 때문이다.

이에 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생하는 만큼 납세자에게 큰 부담이 될 수도 있다.

이에 국세청은 세무상 불확실성을 해소해 기업이 연구·인력개발 활동에만 전념할 수 있도록 지원하기 위해 사전확인제도 시행에 들어갔다.

연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청 가능하다. 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.

국세청은 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지, 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 서면심사를 원칙으로 진행한다,

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분된 경우 과소신고가산세가 면제된다.

다만 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.

국세청은 연구 인력개발비 세액종제 관련 주요 추징사례도 공개했다.

먼저 타 업무를 겸직하는 연구원의 인건비 공제인데 홍보, 영업, 고객대응 등의 업무를 겸직하는 연구원의 인건비를 공제했지만 해당 업무는 연구와 직접적인 관련성이 없어 추징 대상이 됐다.

아울러 연구개발비 중 안전·보건관리 용역 비용을 세액공제했지만 해당 비용은 연구개발 활동이 아닌 일반적인 관리 및 지원활동과 관련된 비용으로 세액공제 대상이 아니다.

국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 지난 2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 세액공제를 배제하는 규정이 신설돼 2010년에 지출한 연구개발비는 세액공제되지 않지만 신청한 경우도 세무조사 대상이 됐다.

국세청은 향후 연구·인력개발비 세액공제 적용 사례집을 발간, 가이드라인 배포 등을 통해 납세자의 성실신고를 지원하겠다며 연구·인력개발비 세액공제가 공정하게 이뤄지도록 하겠다고 말했다.

국세청은 현재 제도 시행 초기인 만큼 심사팀이 임시 조직(TF)으로 운영되고, 기술검토는 신성장동력·원천기술의 심사와 동일하게 외부전문가를 활용해 진행할 예정이지만 사전심사 신청 추이를 반영해 연구개발 세정지원TF팀을 확대한 상설 조직으로 개편을 추진할 계획이다.

국세청 관계자는 "연구·인력개발에 대한 전문 지식을 갖춘 이공계 전공자를 분야별로 충분히 확보하여 신속하고 친절한 사전심사 서비스를 제공할 계획"이라며 "기계 및 장비제조, 전기, 전자, 정보통신, 제약분야의 인력 채용을 진행하고 있다"고 말했다.

R&D세액공제 사전심사 신청은 이렇게

□(신청인)사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있습니다. *의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고 가능

□(심사대상)이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액제한은 없습니다. *세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외

□(신청기한)법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며, ○법인세(소득세) 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능합니다.

□(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실·국세청 법인세과)를 통해 신청할 수 있습니다.

□(제출서류)｢연구·인력개발비 사전심사 신청서｣, ｢연구개발 보고서｣, ｢연구개발비 명세서｣, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류를 제출해야 합니다. ○보다 자세한 내용은 국세청 누리집(www.nts.go.kr)의 공지사항을 참고하시기 바랍니다.